清朝和准噶尔汗国之间的战争可谓旷日持久，从康熙征战葛尔丹到乾隆最后彻底收服准噶尔汗国，总共持续了上百年，而且这不仅仅是一场军事战争，某种意义上还是一场生态战争。在某种意义上，后者的杀伤力更大。
美国学者濮德培（Peter C. Perdue）在其《中国向西》一书中认为，是天花疫情的爆发，给屡遭清廷打击日趋衰弱的准噶尔汗国予最后的致命一击。天花准噶尔汗国造成的损失，要远远大于在战场上的损失。濮德培援引魏源的数据指出，死于天花疫情的准噶尔汗国的臣民占其人口总数的 40%，这其中还包括其首领阿睦尔撒纳，这为乾隆皇帝最终平定准噶尔叛乱铺平了道路。
这已经不是天花第一次在满清与蒙古人的战斗中发挥关键作用了，此前与皇太极对阵的蒙古察哈尔林丹汉据说也是死于天花。
接下来的问题是，为什么满人比蒙古人对天花更有抵抗力，而帮助满人打败准噶尔汗国的东蒙人又比西蒙人更有免疫力呢？
答案在于谁更早与汉人接触，并更早学会接种牛痘。在入关之前，相较于蒙古人，满人就更频繁地与在辽东务农的汉人接触。满人不是纯粹的游牧部落，其经济是建立在森林、草原和农业三种形态之上的，这使他们更早接触到定居人群的“病菌库”，也因此更早拥有了一定程度的免疫力。
当然这一切都不是一帆风顺的，在这个过程中满人也付出了巨大的代价。顺治皇帝据传死于天花，而康熙成为继承人的一个重要原因是他幼时得过天花并活了下来。后来康熙在皇族中强制推行从汉人那里学会的牛痘接种，后来又在满族人中加以推广。
为了避免给已成为盟友的东蒙人带去毁灭性的天花疫情，康熙下令只有那些经受过天花“考验”的满洲人才能奉命出使蒙古部落。后来那些和满汉族群居住地较为接近的蒙古部落渐渐也拥有了对天花的免疫力，而更遥远的与定居族群接触较少的西蒙各部则缺乏这样的机缘，因此一旦面临这样的生态遭遇战，便遭受到猝不及防的毁灭性打击。
据历史学家考证，给准噶尔汗国带去天花病毒的并不仅仅是清朝的西征大军，来自俄罗斯的商人和外交人员也是致命的病毒携带者。人们曾经认定俄罗斯和大清这两个“火药帝国”凭借着先进的枪炮以及更为雄厚的财政实力绞杀了草原汗国们的生存空间，从而彻底粉碎了成吉思汗式帝国再度崛起的可能，从此游牧民族对定居文明的威胁成了明日黄花。
但人们很少意识到，除了军事和经济层面的武器，来自欧亚大陆定居人群的“病毒库”也发挥了至为关键的作用。这不由让人想起当年发端于蒙古帝国并给欧亚大陆东西两端的定居社会带来惨痛后果的“黑死病”，历史似乎通过一种诡异恐怖的方式实现了自己的报复。
而如果放宽历史的视界，人们会发现在大致相同的时段，一场类似的征服在北美大陆也在上演，来自欧洲的殖民者所携带的细菌和病毒也给缺乏免疫力的印第安人带来了毁灭性打击。
无论是在欧亚大陆，还是在北美大陆，人类最后的边疆的消失，就是使以这样一种生态战争的方式得以完成，这也使人们更加清醒地认识到，所谓文明和进步有时有着如此复杂沉重的面向。